O PPGCOM possui instâncias e comissões responsáveis por processos acadêmicos específicos.
Colegiado de Professores: constituído pelos integrantes do corpo docente , é a instância de discussão e deliberação das estratégias e políticas do PPGCOM que se pauta pelas diretrizes do Documento da área de Comunicação e Informação da CAPES e do Planejamento Institucional Estratégico da ESPM
Comissão Acadêmico-pedagógica: de caráter consultivo e deliberativo, é composta por 4 professores do corpo permanente (presidente: Coordenador do Programa; vice-presidente: Vice-coordenador do Programa; 1 representante de cada uma das linhas de pesquisa) e 1 representante discente de cada uma das turmas do Mestrado e do Doutorado, escolhidos pelo próprio corpo discente, mediante votação, com data previamente marcada, com mandato estipulado em um ano, renovável por mais um ano. Podem ser indicados os mestrandos e doutorandos regularmente matriculados no Programa.
Comissão de Bolsas: composta por 5 integrantes, sendo 1 presidente, o Coordenador do Programa e 2 representantes docentes eleitos pelo Colegiado e 2 representando discentes eleitos, sendo 1 escolhido pelos mestrandos e outro pelos doutorandos.
Comissão Permanente do Processo Seletivo Discente: composta por todos os membros do Colegiado, sendo presidida pelo Coordenador do Programa.
Comissão de Processo Seletivo Docente: composta por 4 membros titulares, sendo 1 o Coordenador do Programa (presidente) e 2 os representantes de cada uma das linhas de pesquisa, ademais de um avaliador externo; deverão ser nomeados 4 suplentes para esta Comissão.
Comissão de Internacionalização: tem 3 (três) membros, sendo 2 (dois) representantes do corpo docente e 1 (um) representante discente. Compete à mesma o acompanhamento do plano de internacionalização do PPGCOM e dos convênios e acordos de cooperação acadêmica.
Comissão de Aproveitamento de Créditos: composta por 2 (dois) membros indicados pelo Colegiado e tem por finalidade a avaliação dos pedidos de aproveitamento, reaproveita e convalidação de créditos.
Comissão de Recredenciamento: composta pelo Pró-Reitor Nacional de Pesquisa Stricto Sensu, pelo Coordenador do PPGCOM e por 1 (um) avaliador externo.